Özellikle milletvekilliğinden önce aktif gazetecilik yaptığı sırada, adeta birer ihbarname gibi yazdığı yazılarla sürekli Ergenekon’un bir numarasına dikkat çeken Tayyar, geçen ay Ergenekon davasının görüldüğü İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından tanık olarak ifadeye çağırılmıştı. Mahkemeye ifade vermek için gitmeyen Tayyar kendisine davayla ilgili sorulan sorulara da “Ben Ergenekon savcısı Zekeriya Öz’e soruşturma zamanında ifade verdim. Orada Ergenekon’un bir numarasını söyledim. Savcılarda bu bilgi mevcut” şeklinde açıklama yapmıştı.
Şamil Tayyar’ın verdiği bu bilginin ardından savcılık hemen inceleme başlattı. Ancak savcılığın yaptığı incelemelerde Kıvrıkoğlu’nun Ergenekon ile ilişkisini gösteren somut bir bilgiye ulaşılamadı. İnandırıcı ve somut bir delil bulamayan savcılık dosyayı kapattı.